Mikroverunreinigungen sind organische Spurenstoffe, die in sehr tiefen Konzentrationen (Milliardstel- bis Millionstel-Gramm pro Liter) in den Gewässern nachgewiesen werden. Bei diesen Stoffen handelt es sich um Inhaltsstoffe von Pflanzenschutzmitteln, Arzneimitteln, Körperpflegeprodukten und Reinigungsmitteln, welche über die Landwirtschaft und die Siedlungsentwässerung in Spuren in die Gewässer gelangen können.

Einige Mikroverunreinigungen können sich bereits in sehr tiefer Konzentration nachteilig auf die Gewässer und ihre Lebewesen auswirken. Beispielsweise haben endokrin wirksame Stoffe hormonartige Eigenschaften, welche bei Fischen zu Zwitterbildungen und Abnormalitäten in Wuchs und Verhalten führen können.